Durante los últimos años CONAPE ha firmado diferentes acuerdos de cooperación interinstitucional:

• Fondo de Apoyo para la Educación Superior y Técnica del Puntarenense (FAESUTP)

• Sistema Nacional de Acreditación de la Educación Superior (SINAES)

• Hijos del Campo

• Fondo Nacional de Becas FONABE (préstamo de complemento a los becados costarricenses)
  

• Ministerio de Relaciones Exteriores ( complemento para los becados de organismos internacionales.
  

• Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza CATIE(estudiantes costarricenses de posgrado)
  

• Organización Turística Estudiantil Costarricense. OTEC (estudiantes de cursos de idiomas en el exterior)
  

• Colegio de médicos Veterinarios de Costa Rica

•  Colegio de Profesionales en Ciencias Políticas y Relaciones Internacionale
  
• CNPq-CONAPE-CONICIT

• Universidad para la Paz